رئیس جمهور و 134 عضو مجمع ملی برای دوره‌ای چهارساله با رأی تمامی افراد بالغ انتخاب می‌شوند. احزاب مهم سیاسی هندوراس عبارتند از حزب لیبرال هُندوراس • حزب ملی (راست‌گرا)، حزب ابداع و حزب اتحاد .

این کشور در سازمان ملل متحد، سازمان کشورهای امریکایی، بازار مشترک آمریکای مرکزی، انجمن وحدت امریکای لاتین عضویت دارد.

کودتای نظامی ژوئن 2009 و سرنگونی مانوئل زلایا

در سحرگاه 28 ژوئن 2009 (1388/4/7) و تقریبا دو ساعت پیش از شروع همه‌پرسی پیرامون تشکیل یک مجلس موسسان با هدف اصلاح قانون اساسی این کشور، کودتاچیان با استفاده از 200 سرباز آموزش دیده اقدام به حمله به کاخ ریاست جمهوری واقع در تگوسیگالپا کردند و خوزه مانوئل زلایا، رئیس‌جمهور هندوراس را که در خواب بود ربودند. آنها وی را با تهدید اسلحه از خواب بلتد کرده و در حالی که هنوز لباس خواب بر تن داشت، بازداشت کردند و از طریق هواپیما راهی پایگاهی نظامی در کاستاریکا و پس از آن در دومنیکن کردند.

همه‌پرسی مذکور به منظور گرفتن نظر مردم هندوراس پیرامون تشکیل یک مجلس موسسان با هدف اصلاح قانون اساسی این کشور که راه را برای انتخاب یک نامزد ریاست جمهوری، برای بیش از دو دوره متوالی، هموار می‌کرد، بود.

منتقدان، مانوئل زلایا را متهم می‌کنند که او با این کار قصد داشت قانون محدودیت انتخاب مجدد رئیس‌جمهوری را از قانون اساسی حذف کند و راه خود را برای انتخاب دوباره خود به مقام ریاست جمهوری هموار کند. از اینرو، تصمیم به برگزاری همه‌پرسی توسط دادگاه عالی هندوراس و کنگره? این کشور غیرقانونی اعلام شد و ارتش هندوراس هم با آن مخالفت کرد. بعد از اینکه مانوئل زلایا بر ادامه روند برگزاری همه‌پرسی اصرار کرد، کنگره هندوراس با حمایت دادگاه عالی این کشور او را به دلیل نقض مکرر قانون اساسی از سمت خود برکنار کرد.

پورفیریو لوبو به عنوان 54مین رئیس‌جمهور هندوراس، جایگزین زلایا شد.

پس از 16 ماه تبعید، مانوئل زلایا به طور مخفیانه به هندوراس بازگشت و اکنون نیز در سفارت برزیل در تگوسگالپا پایتخت زندگی می‌کند. لوبو و زلایا موافقتنامه ای را به منظور بازگشت زلایا به این کشور امضا کرده بودند که به ورود مجدد و فوری هندوراس به سازمان کشورهای آمریکایی منجر می شد^.

یکی از شواهد دست داشتن آمریکا در این کودتا، اسنادی است که ویکی‌لیکس منتشر کرده است که از نقش محوری آمریکا پیش از کودتا در هندوراس، در حین انجام کودتا و پس از آن پرده برداشت.

اولین سند از اسناد منتشر شده به ترتیب زمانی مربوط به مکاتبات سفارت آمریکا در تگوسیگالپا پایتخت هندوراس، با واشنگتن و سایر مخاطبان است که در آن اوضاع هندوراس تشریح شده است.

محتوای سند دوم مربوط به تحلیل تک تک نقش‌آفرینان تاثیرگذار داخلی هندوراس می‌شود. این افراد توانستند در روند مذاکرات برای امضای معاهده "سن‌خوسه" تاثیرگذار باشند. این معاهده در نوامبر 2009 و پیش از برگزاری انتخابات در هندوراس امضا شد. برنامه کودتا توسط واشنگتن طراحی شده بود و آنها در این برنامه به این گونه اطلاعات نیاز داشتند.